Η βακτηριακή λοίμωξη των χοληφόρων δείχνει πάντοτε απόφραξη χοληφόρων, αφού σε απουσία απόφραξης ακόμα και η ισχυρή βακτηριακή επιμόλυνση των πόρων αποτυγχάνει να προκαλέσει συμπτώματα ή παθολογικές μεταβολές. Η διακοπή της ροής μπορεί να είναι μερική ή λιγότερο συχνά πλήρης. Οι κύριες αιτίες είναι η χοληδοχολιθίαση, η στένωση των χοληφόρων και το νεόπλασμα. Λιγότερο συχνές αιτίες είναι η χρόνια παγκρεατίτιδα, η στένωση του φύματος, η ψευδοκύστη του παγκρέατος, το εκκόλπωμα δωδεκαδακτύλου, η συγγενής κύστη και η παρασιτική επέκταση. Όμως, δεν ακολουθούνται όλες οι αποφρακτικές βλάβες από χολαγγειϊτιδα. Η πιθανότητα χολαγγειϊτιδας είναι μεγαλύτερη όταν η απόφραξη συμβεί αφού ο πόρος έχει αποκτήσει έναν υπολειπόμενο βακτηριακό πληθυσμό. 

Με την απόφραξη, αυξάνεται η πίεση του πόρου και ο πολλαπλασιασμός των βακτηρίων που διαχέονται στην συστηματική κυκλοφορία μέσω των ηπατικών κολποειδών. 

Τα συμπτώματα της χολαγγειϊτιδας (μερικές φορές αναφέρονται σαν τριάδα Charcot’s) είναι κολικός χοληφόρων, ίκτερος και πυρετός με ρίγος, αν και η πλήρης τριάδα υπάρχει μόνο στο 70% των περιπτώσεων. 

Τα εργαστηριακά ευρήματα περιλαμβάνουν λευκοκυττάρωση και αυξημένα επίπεδα χολερυθρίνης ορού και αλκαλικής φωσφατάσης. Οι κύριοι οργανισμοί στη χολή είναι E.coli, Klebsiella, Pseudomonas, Enterococci, και Proteus. Bacteroides fragilis και άλλα αναερόβια (πχ, Clostridium perfrigens)  μπορούν να διαπιστωθούν στο 25% περίπου των περιπτώσεων, ενώ η παρουσία τους σχετίζεται με πολλαπλές προηγηθείσες χειρουργικές επεμβάσεις στα χοληφόρα (συχνά συμπεριλαμβανομένης μιας χολεντερικής αναστόμωσης), σοβαρά συμπτώματα και υψηλή επίπτωση μετεγχειρητικών πυογόνων επιπλοκών. Πολύ νωρίς σ’ένα επεισόδιο, το υπερηχογράφημα μπορεί να  δώσει χρήσιμες διαγνωστικές πληροφορίες. Επιπλέον εξετάσεις (PTC, ERCP, κτλ) μπορούν να γίνουν αργότερα, αφού τεθούν υπό έλεγχο οι αρχικές εκδηλώσεις. Η χολαγγειογραφία είναι επικίνδυνη κατά τη διάρκεια της οξείας χολαγγειϊτιδας.

Ο όρος πυώδης (διαπυητική) χολαγγειϊτιδα έχει χρησιμοποιηθεί για την πιο σοβαρή μορφή αυτής της νόσου, όταν οι εκδηλώσεις της σήψης υπερκαλύπτουν αυτές της νόσου του ήπατος και των χοληφόρων. Η διαγνωστική πεντάδα της διαπυητικής χολαγγειϊτιδας συνίσταται σε κοιλιακό άλγος, ίκτερο, πυρετό με ρίγος, διαταραχές της διάνοιας ή λήθαργο και καταπληξία. 

Οι περισσότερες περιπτώσεις χολαγγειϊτιδας μπορούν να ελεγχθούν με ενδοφλέβια αντιβιοτικά. Για τους ασθενείς με σοβαρή χολαγγειϊτιδα ή εμμένουσα χολαγγειϊτιδα παρά τη θεραπεία με αντιβιοτικά, πρέπει να αποσυμφορηθεί άμεσα ο χοληδόχος πόρος. Οι περισσότερες περιπτώσεις σοβαρής οξείας χολαγγειϊτιδας σχετίζονται με χοληδοχολιθίαση, για την οποία η καλύτερη θεραπεία είναι η επείγουσα ενδοσκοπική σφιγκτηροτομή. Στην ασυνήθη περίπτωση όπου αυτή είναι ανεπιτυχής, ενδείκνυται λαπαροτομία για την αποσυμπίεση του χοληδόχου πόρου. Η χολαγγειϊτιδα που συνοδεύει νεοπλασματική απόφραξη μπορεί να αντιμετωπιστεί με τοποθέτηση διηπατικά ενός καθετήρα παροχέτευσης στο χοληδόχο πόρο. 

Επείγουσα επέμβαση (πχ, ενδοσκοπική σφιγκτηροτομή, διαδερμική διηπατική παροχέτευση, ή χειρουργική αποσυμπίεση) χρειάζεται στο 10% περίπου των ασθενών με οξεία χολαγγειϊτιδα. Το υπόλοιπο 90% αντιμετωπίζονται κυρίως με εκλεκτική χειρουργική επέμβαση ή ενδοσκοπική σφιγκτηροτομή μετά την αντιβιοτική θεραπεία και μια προσεκτική διαγνωστική εκτίμηση.